freee人事労務で36協定を管理する方法 - 社会保険労務士法人あいパートナーズ

この記事は中小企業の人事・労務担当者やこれからfreee人事労務の導入を検討している経営者向けに書かれています。
freee人事労務で36協定をどのように管理し、設定や運用上の注意点を抑えるかを分かりやすくまとめました。
実務で必要な準備事項や初期設定、残業時間の集計と確認方法、違反を未然に防ぐポイント、勤怠や給与との連携、さらには社労士に依頼するメリットまでを網羅して解説しますので、日常の労務管理にすぐ使える実践的な情報を得たい方に最適な内容です。

Table of Contents

freee人事労務で36協定は管理できる？

36協定とは

36協定は、法定労働時間を超えて労働させる際に労使で取り決めを行い、所轄の労働基準監督署に届出をするための制度です。
具体的には時間外労働や休日労働の上限や割増賃金の支払い方法、対象となる労働者の範囲などを明確にし、労働者の健康と安全を守るためのルールを定めます。
企業は36協定の内容に基づいて残業管理を行い、上限を超えないよう注意義務を果たす必要があります。

freee人事労務で管理できる内容

freee人事労務は勤怠データの集計、残業時間の自動計算、36協定で定めた協定時間に基づくアラート設定、協定書の保存・管理、従業員ごとの労働時間の可視化などを行えます。
これにより紙や手作業による集計ミスを減らし、違反リスクを低減できます。
さらに勤怠と給与計算の連携により残業手当の計算精度も向上します。

管理項目	freeeでの対応
時間外・休日労働の集計	自動集計・月別・従業員別に集計可能
36協定書の保存	電子保存・添付ファイルで管理可能
上限超過の検知	アラート機能で通知
給与計算との連携	勤怠データを自動反映して計算

導入するメリット

freee人事労務を導入することで、36協定に基づく残業管理をシステムで自動化でき、人的ミスの削減と業務効率化が期待できます。
管理者は従業員の残業傾向をリアルタイムで把握でき、法令違反の早期発見や改善措置の実行が容易になります。
さらに勤怠と給与の連携により支払計算の正確性も高まり、労使トラブルの予防につながります。

自動集計で集計業務を削減できます
アラートで上限超過を未然に防げます
勤怠と給与の連携で計算ミスを減らせます
証跡を電子的に保存して監査対応が容易になります

36協定を管理する前に準備すること

36協定届を締結・届出する

まず労使で36協定の内容を協議し、文書として締結したうえで所轄の労働基準監督署へ届出を行う必要があります。
届出には延長時間の上限や対象者の範囲、特別条項の有無などの記載が求められるため、事前に具体的な運用ルールを整理しておきましょう。
届出後も運用状況に応じて協定の見直しや再届出が必要となるケースがあるため、定期的なチェック体制が重要です。

就業規則を確認する

就業規則に36協定に基づく時間外労働や休日労働の取り扱い、手当の支払いルールを明確に記載しておくことは不可欠です。
就業規則の記載と実際のシステム設定が一致しているかを確認し、不整合があれば修正してください。
特に変形労働時間制やフレックスタイム制を採用している場合は、就業規則の内容に基づいた勤怠設定が必要になります。

時間外労働のルールを整理する

誰が時間外労働の対象か、管理方法や申請フロー、承認権限、割増賃金の算定方法や読み替えのルールなどを社内で統一しておきましょう。
ルールが曖昧だと運用の際に判断が分かれてしまい、集計ミスや超過が発生しやすくなります。
加えて、36協定の特別条項を適用する条件や申請手順も明文化しておくことを勧めます。

協定の内容を文書化して従業員に周知する
就業規則とシステム設定の整合性を確認する
申請・承認フローを明確にして担当者を決める

freee人事労務の初期設定

会社情報を登録する

導入時にまず会社情報を正確に登録してください。
会社名、事業所情報、労働保険・社会保険の適用情報、所轄の労働基準監督署などを設定することで、36協定や労務管理に必要な基礎データを整えます。
これらの情報は帳票作成や届出書類の自動生成に用いられるため、誤りがないように注意して入力してください。

勤務体系・労働時間を設定する

通常勤務・変形労働時間制・フレックスタイム制など会社で採用している勤務体系をfreee上で登録し、始業・終業時刻や休憩、所定労働時間を設定します。
これによりシステムが所定労働時間と実労働時間の差分を正確に把握し、残業自動計算の基礎データが整備されます。
制度ごとの設定漏れがないかを慎重に確認してください。

残業ルールを設定する

36協定で定めた月次・年次の上限時間、割増率、深夜労働の取り扱い、振替休日や代休のルールなどをシステムに反映させます。
特別条項を適用する条件や一時的な上限緩和の運用方法も設定可能です。
設定が適切でないと警告や集計が正しく機能しないため、就業規則と照合しながら慎重に入力してください。

月ごとの上限値と年平均の管理方法を登録する
特別条項の適用条件や申請フローを設定する
割増率や深夜手当の計算ルールを反映する

36協定に沿って残業時間を管理する方法

時間外労働を集計する

勤怠打刻や勤怠申請から取得したデータを基に、所定労働時間を超えた時間を自動で時間外労働として集計します。
月別や従業員別の累計、部署ごとの傾向分析を行うことで早期に要注意者を発見できます。
集計結果は一覧やグラフで可視化できるため、管理者は効率的に労働時間の偏りを把握して是正措置を講じられます。

休日労働を管理する

休日出勤が発生した場合には、休日労働として別途集計し、36協定で定めた休日労働の取扱いや割増賃金の計算ルールに従って扱います。
休日出勤の申請と承認プロセスをシステムで運用することで、無許可の休日労働や過度な連続出勤を抑制できます。
休日分の代休付与や振替の管理もfreee上で追跡可能です。

残業時間を確認する

管理者はダッシュボードや従業員ごとの詳細画面で残業時間を随時確認し、上限に近づく場合には事前に対策を打つことが重要です。
月途中の累計だけでなく、年単位の平均や過去の推移も確認して長期的な負担状況を監督できます。
従業員自身も自分の残業状況を確認できる設定にしておけば、セルフ管理を促進できます。

日次・月次での残業集計を自動化する
休日労働の申請と承認を必須化する
従業員自身が残業時間を確認できるようにする

36協定違反を防ぐポイント

時間外労働の上限を把握する

36協定の上限は法令や特別条項の適用により変わるため、会社が届出した上限を明確に把握し、従業員ごとや部署ごとに上限を設定しておくことが重要です。
上限超過のリスクが高い職種や繁忙期を事前に洗い出し、業務分配や代替要員の計画を立てることが違反予防につながります。
データに基づく予防的な運用が有効です。

アラート機能を活用する

freeeのアラートや通知機能を活用して、従業員や管理者に対して上限に近づいた段階で自動的に通知を送る設定を行ってください。
早期に警告を出すことで代替手配や業務調整を行いやすくなり、違反を未然に防げます。
通知は段階的に設定し、想定外の残業が発生した際のフローを事前に決めておくと効果的です。

管理者が定期的に確認する

システム任せにせず、管理者が定期的にダッシュボードやレポートをチェックして異常値や傾向を把握することが大切です。
定例ミーティングで残業状況や健康リスクの高い従業員を共有し、必要に応じて面談や業務配分の見直しを実施してください。
人的な確認とシステムの併用が最も確実な運用方法です。

アラートは閾値を段階的に設定する
管理者は週次・月次でレポートを確認する
異常を早期に検知したら面談や業務調整を行う

勤怠管理・給与計算との連携

勤怠データを給与計算へ反映する

freeeは勤怠で集計した時間外労働や深夜労働、休日出勤のデータを給与計算に自動連携できます。
この連携により手入力によるミスが減り、支給額や控除の計算に一貫性が生まれます。
給与担当は勤怠データの最終確認を行った上で給与計算処理を行う運用を確立してください。

残業手当を適切に計算する

残業手当の計算は労働基準法に基づいた割増率と就業規則で定めた規定に従って正確に行う必要があります。
freeeに割増率や計算ロジックを設定し、対象となる労働時間を自動識別することで誤計算を防げます。
特別条項での上限超過や深夜労働の扱いも正確に反映する設定が重要です。

労働時間を一元管理する

勤怠、休暇、残業、代休などの労働時間情報をfreee上で一元管理することで、個人や部署の労働負荷を総合的に評価できます。
一元化されたデータは意思決定や人員配置、繁閑対応の計画に役立ち、法令遵守の観点からも監査対応が容易になります。
データ活用のためのレポート設計も検討しましょう。

連携項目	効果
勤怠→給与	手作業削減と計算精度向上
残業アラート→管理者	早期対応で違反防止
休暇・代休管理	振替や休暇付与の透明化

36協定管理でよくあるトラブル

残業時間の集計ミス

残業集計ミスは打刻漏れや申請未承認、手入力による転記ミスなどが原因で発生します。
システム導入後も、データの突き合わせや打刻ルールの運用徹底を図らないとミスは減りません。
定期的なデータ監査や従業員への打刻・申請教育を行い、集計漏れを早期に発見できる仕組みを整えてください。

設定内容と就業規則が一致していない

システム設定と就業規則の不一致は、労使トラブルや法令違反につながる重大なリスクです。
例えば割増率や休暇の付与ルール、変形制の運用方法などが設定と異なると給与計算や勤務評価に影響します。
導入時および運用開始後に就業規則と設定の定期的な突合せを実施してください。

上限時間を超えてしまう

上限超過は繁忙期や人員不足で起きやすく、事前の計画不足や承認フローの緩さが原因となることが多いです。
上限に近づいた段階で代替要員や業務削減を行うルール、臨時の特別条項適用の手続きなどを整備し、発生時には速やかに是正措置を講じる体制を作りましょう。

打刻や申請の運用ルールを徹底する
設定と就業規則の整合性を定期的に確認する
繁忙期の人員計画や代替手段を事前に準備する

社労士へ依頼するメリット

36協定とシステム設定を一致できる

社労士に依頼すれば、36協定の法的要件と就業規則の内容を踏まえたうえでfreeeの設定を最適化できます。
専門家の視点で不整合を発見し、書面上の協定とシステム運用を一致させることで違反リスクを大幅に低減できます。
導入初期だけでなく運用中の相談窓口としても有用です。

法改正にも適切に対応できる

法改正や判例の変化により36協定や労働時間管理のルールは更新されるため、社労士が最新の法令を踏まえて必要な就業規則の改定やシステム設定の変更を提案してくれます。
これにより法令違反のリスクを抑えつつ、適切な運用を継続することが可能になります。

労務管理全体を効率化できる

社労士は36協定だけでなく、雇用契約、就業規則、労働保険・社会保険手続きなど労務全般を俯瞰してアドバイスできます。
freee導入と並行して業務フローの見直しやマニュアル整備を行うことで、日常の労務管理が効率化され、担当者の負担も軽減されます。

法律に即した設定で安心して運用できる
改正対応を迅速に行ってもらえる
運用フローの最適化や教育支援を受けられる

社会保険労務士法人あいパートナーズができること

freee人事労務の導入支援

社会保険労務士法人あいパートナーズはfreee人事労務の導入にあたり、会社の就業規則や現行運用をヒアリングしたうえで最適な初期設定やマスタ設計、運用フローの構築を支援します。
システム操作のトレーニングや導入後の運用相談も提供し、スムーズな定着をサポートします。

36協定・就業規則の作成支援

あいパートナーズは36協定の作成や届出、就業規則の見直し・作成を法令に準拠して支援します。
事業の実情に応じた特別条項の設計や、フレックス・変形労働時間制の運用ルール作成など、実務に即したドキュメント作成を行い、システム設定との整合性も考慮した提案を行います。

勤怠管理・労務管理の運用サポート

日常の勤怠トラブル対応、残業時間の集計方法の改善、従業員への周知・教育、監査対応のためのレポート作成支援など、運用面での包括的なサポートを提供します。
外部の専門家が関与することでリスク管理が強化され、担当者の負担を軽減しつつ安定した運用が可能になります。

導入前診断と設定支援
就業規則・36協定の作成・届出支援
運用支援と教育・トラブル対応

まとめ｜freee人事労務で36協定を適切に管理しよう

正しい設定と運用で時間外労働のリスクを防ごう

freee人事労務は36協定に基づく残業管理を効率化し、違反リスクの低減や給与計算の精度向上に貢献します。
導入に当たっては就業規則との整合性、正確な初期設定、アラートと管理者確認の組合せによる運用設計が重要です。
必要に応じて社労士の支援を受けることで、法令遵守を確実にしながら安定した労務管理体制を構築できます。
まずは現状の運用を可視化し、優先的な改善点から着手しましょう。

この記事を書いた人

岩本浩一社会保険労務士・採用定着士

岩本浩一（いわもとこういち）
社会保険労務士法人あいパートナーズ代表社員

採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属（登録番号：3806011）。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。

特に「企業型確定拠出年金（企業型DC）」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。

地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。