freee人事労務で勤怠管理を始める方法 打刻・残業・有給管理まで解説

この記事は、freee人事労務を使って勤怠管理を始めたい人事担当者や経営者、または労務管理の業務効率化を検討している総務担当者に向けて書かれています。
freee人事労務での打刻方法や勤務ルール、残業・有給管理から給与連携までの導入手順と注意点を、実務で使える具体的な設定手順やトラブル対処を交えてわかりやすく解説しますので、導入前の準備から運用の落とし穴まで一通り把握したい方に最適な内容になっています。

Table of Contents

freee人事労務で勤怠管理はできる?

freee人事労務は勤怠管理機能を備えたクラウド型労務管理ツールであり、従業員の打刻、勤務時間の自動集計、残業や休暇の管理、勤怠データの給与連携まで一貫して行えるため、従来の紙やエクセル管理で発生していたヒューマンエラーや集計作業の負担を大幅に軽減できます。

freee人事労務の勤怠管理機能とは

freee人事労務の勤怠管理機能は、クラウド上で打刻データを集約し、勤務体系に応じた所定労働時間や休憩、自動的な残業計算、休暇の付与や残日数管理、申請と承認ワークフロー、そして給与計算ソフトへのデータ受け渡しまでを一連の流れでサポートする包括的な機能群となっています。

勤怠管理でできること

freee人事労務で行える代表的な勤怠管理機能には、従業員の打刻(PC・スマホ・ICカード等)、日次・月次の勤務時間集計、残業時間の自動計算、休暇の申請・承認フロー、年次有給の自動付与と残日数確認、そして勤怠データの給与ソフトへの連携などがあり、これらを組み合わせて運用することで手作業を減らせます。

  • 打刻(PC・スマホ・ICカード・QRコード)
  • 日次・月次の勤務時間集計とレポート作成
  • 残業・深夜労働の自動計算
  • 有給休暇の付与・取得管理
  • 申請・承認ワークフローの運用
  • 給与計算ソフトとのデータ連携

導入前に準備するもの

導入前には会社の就業規則や勤務体系(始業・終業時刻、休憩、所定労働時間、変形労働時間制の有無)、従業員名簿と雇用形態、シフト運用ルール、36協定の上限値や残業規定、そして給与計算との連携方法と対象データの確認といった基本情報を整理しておく必要があります。

  • 就業規則・勤務体系の現行ルールの把握
  • 従業員の氏名・雇用区分・勤務区分のリスト化
  • 36協定など法令上の上限値の確認
  • 打刻端末(スマホ・IC・PC)の利用方針決定
  • 給与ソフトとの連携要件の確認

freee人事労務の勤怠管理を始める前の初期設定

導入をスムーズに進めるためには、まず会社情報と事業所情報を正確に登録し、次に就業規則に基づいた勤務体系や就業ルールをfreee上で定義し、最後に従業員情報を一括登録またはCSVでアップロードしておくことで初期運用時の手戻りを最小化できます。

会社情報を設定する

会社情報の設定では会社名や法人番号、事業所所在地、標準のタイムゾーン、給与計算開始日や締め日などを正確に入力し、社会保険や労働保険の適用関係に関する基本情報を登録しておくことで、勤怠管理とその後の社会保険手続きや給与処理が一貫して行いやすくなります。

勤務体系・就業ルールを設定する

就業ルールの設定は、始業終業時刻、休憩時間、所定労働時間、遅刻早退の扱い、残業の判定基準、深夜手当の時間帯、フレックスタイムや変形労働時間制の適用可否などをfreeeの勤務体系として細かく定義し、社内の就業規則と整合させることが重要です。

従業員情報を登録する

従業員情報は個人の基本情報に加え、雇用形態、所属部署、勤務地、雇用開始日、有給の基準日や付与ルール、給与締め日など勤怠と給与に関わる項目を正確に入力し、CSVインポート機能を使えば多数人の登録も効率的に行えます。

打刻方法を設定する

freee人事労務では打刻方法を複数用意しており、組織の規模や働き方に合わせてPCブラウザ打刻・スマホアプリ打刻・ICカード・QRコード読み取りなどから最適な手段を選択し、打刻の不正防止やID連携の設定も行うことができます。

パソコンで打刻する

パソコン打刻は従業員がブラウザからログインして打刻する方式で、固定のPCを持つオフィスワーカー向けに向いており、IPアドレスの制限やPC端末管理と組み合わせることで打刻の正確性を高めることができます。

スマートフォンで打刻する

スマートフォン打刻はアプリやブラウザを通じて場所を問わず打刻できるためリモートワークや外回りの多い職種に適しており、GPSによる位置情報の取得や写真添付で打刻の証跡を残す設定も可能です。

ICカード・QRコードなどを利用する

ICカードやQRコード打刻は出退勤端末を設置して物理的なIDで打刻する方式で、打刻の一元管理や不正打刻の抑止に有効であり、ICカードの種類やリーダー機器、QRコード印刷の運用フローを事前に決めておくと導入がスムーズです。

打刻方法利点留意点
パソコン打刻導入が簡単でPC利用者向け場所制限が必要な場合はIP制限や端末管理が必要
スマホ打刻リモートや外勤者に最適、GPS添付可GPS精度やバッテリーの問題を考慮
ICカード/QR物理的証跡で不正抑止に強い端末導入コストと運用ルールが必要

勤務時間・シフトを設定する

勤務時間とシフトの管理では、所定労働時間の基準を設定し、シフトパターンを登録して従業員に割り当てることで月次の勤怠集計を自動化でき、変形労働時間制やフレックス制など複雑な勤務形態にも対応可能な設定を行うことが重要です。

所定労働時間を設定する

所定労働時間の設定は、部署や雇用形態ごとに標準の始業終業時刻や所定労働時間を登録し、時間外労働の基準や休憩時間の自動控除ルールを明確にすることで、残業の自動計算や勤務時間のアラート設定が正確に機能します。

シフトを登録する

シフト登録は、曜日ごとのパターンや繁忙期の臨時シフトをテンプレート化しておくと効率的であり、従業員別のシフト割当やシフト申請・承認のワークフローを整備することで欠勤や過剰労働の事前抑制につながります。

変形労働時間制に対応する

変形労働時間制を適用する際は、対象期間の所定総労働時間を正確に設定し、締め日の計算や法定労働時間との整合を保つためのルールをfreeeに反映させるとともに、36協定や従業員の同意取得状況を管理しておく必要があります。

残業時間を管理する方法

残業時間の管理では、打刻データから時間外労働を自動集計し、36協定の上限や社内ルールに応じたアラートを設定すること、そして残業申請と承認フローを整備して事前申請をベースに運用することで適正な残業管理を実現します。

時間外労働を集計する

時間外労働の集計は、所定労働時間と実労働時間を比較して自動で時間外や深夜、休日労働を分類し、月次の超過時間をレポート化することで労働時間の見える化を行い、長時間労働の早期発見に役立てます。

36協定の上限を管理する

36協定の上限管理は、従業員ごとの月次・年次の時間外累計を監視して法定の上限値に近づいた際にアラートを出す設定を行い、必要に応じて労使協定の確認や代替措置の検討を速やかに行える体制を整備します。

残業申請・承認フローを設定する

残業申請・承認フローは、事前申請を原則とするワークフローをfreee上で構築し、承認者や代理承認のルール、申請理由の必須化、残業上限の自動チェックなどを設定することで無駄な残業を抑制できます。

有給休暇を管理する方法

有給休暇管理では、入社日からの自動付与ルールを設定して有給の起算日や付与日数を正確に反映させ、年5日の取得義務や有給残日数の管理を行いつつ、従業員が自分の残日数を確認できるように運用することが重要です。

有給休暇を自動付与する

freeeでは付与ルールに基づいて勤続年数に応じた有給休暇を自動で付与する設定が可能であり、付与日や日数、半休の扱いなどを就業規則に合わせて細かく設定することで付与漏れを防げます。

年5日の取得義務を管理する

年5日の年次有給取得義務に対しては、管理対象従業員を抽出して取得状況をモニターし、取得が不足している従業員に対する周知や管理者へのレポートを定期的に行う仕組みをfreeeで整備すると法令順守が図れます。

有給残日数を確認する

従業員の有給残日数は従業員画面や管理者画面でいつでも確認できるようにし、残日数の計算方法(繰越や付与のルール)を明確にしておくことで休暇申請時の齟齬を防ぎ、管理の透明性を高めることができます。

勤怠データを給与計算へ連携する

勤怠データを給与計算へ連携することで、時間外手当や深夜割増、欠勤控除などを勤怠に基づいて自動計算でき、給与計算の精度と効率が向上しますので、連携ルールや変換フォーマットの確認を事前に行うことが重要です。

給与計算へ反映する

勤怠データを給与計算へ反映する際は、給与ソフト側の勤怠項目とfreeeの出力項目をマッピングし、取り込みルール(打刻漏れや休暇区分の扱い)を統一することで、二重チェックの負担を減らし正確な支給額計算が可能になります。

打刻漏れ・勤怠エラーを確認する

給与計算前に打刻漏れや重複打刻、打刻時間の異常値などの勤怠エラーをfreee上で一覧表示して確認する運用を定め、管理者が承認するまで確定しないフローにすることで誤支給のリスクを抑えられます。

給与計算前にデータを確定する

月次の給与計算に入る前に勤怠データを管理者が最終確認し、修正や申請の反映を完了してからデータを確定する運用ルールを設けることで、給与ソフトへの取り込みミスや後修正による再計算を防止できます。

freee人事労務で勤怠管理するメリット

freee人事労務を導入するメリットは、勤怠管理の自動化による業務効率化だけでなく、給与計算とのシームレスな連携、法改正や労働基準法への対応が迅速に反映される点、そしてクラウドでの一元管理によるデータの可視化とコンプライアンス強化が挙げられます。

勤怠管理を効率化できる

打刻から集計、申請承認までをクラウドで一元化することで、これまで紙やエクセルで行っていた時間集計や修正申請の工数を大幅に削減し、管理者・従業員双方の業務負担を軽減できます。

給与計算と連携できる

勤怠データと給与計算を連携することで、時間外手当や欠勤控除の計算を自動化でき、給与計算担当者の手作業ミスを減らし支給ミスや法律違反リスクを低減することが可能です。

法改正に対応しやすい

クラウドサービスとして提供されるfreeeは、法改正があった際にシステム側でアップデートが行われやすいため、36協定や有給関連の改正に対しても迅速に対応できる点がメリットとなります。

勤怠管理でよくあるトラブルと対処法

勤怠管理でよく起きるトラブルには打刻漏れ、残業集計の不整合、有給付与の誤りなどがあり、それぞれに対してルールの明文化、申請フローの厳格化、管理者による定期チェックを行うことで未然防止と迅速な是正が可能です。

打刻漏れが発生した場合

打刻漏れは従業員による申請フォームでの追加打刻申請と管理者による承認フローで対応し、再発防止のために打刻方法の教育やリマインド通知設定、打刻端末の利用ルールを明確にすることが重要です。

残業時間が正しく集計されない場合

残業集計の不整合が生じた場合は勤務体系の設定ミスや休憩自動控除ルールの誤設定が原因であることが多いため、まず設定内容を見直して検証用のサンプル従業員で再計算を行い、問題箇所を特定して修正します。

有給休暇の付与日数が合わない場合

有給の付与日数が合わないときは付与基準日や計算ルール(端数処理、繰越ルール、雇用形態別の付与差異)を確認し、必要ならば履歴データと入社日などの原データを照合して原因を突き止めます。

社労士へ依頼するメリット

社労士に勤怠管理やfreeeの設定を依頼することで、就業規則や労働法令に即した設定が行えるほか、複雑な変形労働時間制や裁量労働の適用判断、36協定の策定支援など専門的な助言を受けられるメリットがあります。

就業規則に合わせて設定できる

社労士は就業規則の内容に合わせた勤怠の算出ルールや休暇付与の設定をfreeeに反映させることができ、社内ルールとシステム設定の齟齬を防ぎながら適正な運用設計を支援します。

勤怠管理と給与計算を最適化できる

社労士は勤怠データが給与計算に与える影響を踏まえて最適なデータ連携方法やエラーチェック体制を設計し、運用上の落とし穴を事前に排除することで業務効率化とコンプライアンスの両立を実現します。

労働時間管理の法令対応を支援できる

労働基準法や関連法規、判例を踏まえて長時間労働対策や36協定の上限管理、有給取得義務の運用方針について助言を行い、法令違反のリスクを低減するための実務的なサポートを提供します。

社会保険労務士法人あいパートナーズができること

社会保険労務士法人あいパートナーズはfreee人事労務の初期設定支援から日常の勤怠運用、給与計算のバックアップ、さらにクラウド労務の導入・改善コンサルティングまで幅広く対応し、貴社の人事労務業務を包括的に支援します。

freee人事労務の初期設定支援

初期設定支援では、就業規則や社内ルールのヒアリングを行い、それに基づいてfreee上の勤務体系や休暇ルール、承認フローを設計・設定し、管理者向けの操作研修やマニュアル作成も提供します。

勤怠管理・給与計算の運用サポート

運用サポートでは月次の勤怠チェック、打刻漏れや異常値の対応、給与計算データの確認、労使対応が必要な事案への助言などを行い、日常業務の負担を軽減すると同時に管理の精度を高めます。

クラウド労務の導入・改善を支援する

既存の勤怠運用からクラウドへ移行する場合は、業務フローの整理、データ移行、現場への展開計画、定着化施策まで一貫して支援し、導入後の改善提案を行って運用品質の向上を図ります。

まとめ|freee人事労務で勤怠管理を効率化しよう

freee人事労務は勤怠管理から給与連携まで一気通貫で対応できるため、正しい初期設定と運用ルールを整備すれば業務負担の大幅な軽減と法令順守の実現が可能であり、必要に応じて社労士の支援を受けることでより安全かつ効率的な運用が期待できます。

正しい設定で労務管理の負担を軽減しよう

勤怠管理の効率化は設定の正確さと運用の徹底が鍵であり、freeeの機能を最大限に活用しつつ社内ルールを整備すれば、管理者・従業員双方の負担を軽減し、職場全体の働き方改善につなげられます。

この記事を書いた人

岩本浩一社会保険労務士・採用定着士
岩本 浩一(いわもと こういち)
社会保険労務士法人あいパートナーズ 代表社員

採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属(登録番号:3806011)。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。

特に「企業型確定拠出年金(企業型DC)」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。

地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。