欠勤と有給休暇の正しい扱い方と企業が守るべき労務ルール

この記事は、企業の人事担当者や労務管理を担う管理職、または自分の働き方や給与に関心のある従業員の方に向けて書かれています。「欠勤」と「有給休暇」の違いや、正しい取り扱い方、企業が守るべき労務ルールについて、法律や実務の観点からわかりやすく解説します。欠勤や有給休暇の扱いでトラブルにならないためのポイントや、就業規則に盛り込むべき内容、給与計算への影響など、実務で役立つ情報を網羅しています。この記事を読むことで、欠勤と有給休暇の違いを正しく理解し、適切な労務管理ができるようになります。

Table of Contents

欠勤と有給休暇の基本的な違い

欠勤と有給休暇は、どちらも「会社を休む」という点では共通していますが、法律上も実務上も大きな違いがあります。欠勤は、労働者が出勤すべき日に正当な理由なく勤務しなかった場合に発生し、原則として給与は支払われません。一方、有給休暇は労働基準法で定められた制度で、一定の条件を満たした従業員が取得でき、休んだ日も給与が全額支給されます。この違いを正しく理解することは、労務管理や給与計算のトラブルを防ぐうえで非常に重要です。また、会社が一方的に欠勤扱いにしたり、有給休暇の取得を制限したりすることは原則として認められていません。

項目	欠勤	有給休暇
給与の支払い	なし	あり（全額）
取得の権利	なし（原則不可）	法律で保障
会社の裁量	限定的	原則不可

欠勤は給与が発生しない日であり、労働義務を果たさなかった扱い

欠勤とは、労働者が出勤すべき日に出勤せず、かつその理由が有給休暇や特別休暇などの正当な休暇に該当しない場合に発生します。この場合、ノーワーク・ノーペイの原則により、その日の給与は支払われません。また、欠勤が多い場合は、賞与や昇給、社会保険の標準報酬月額などにも影響を及ぼすことがあります。欠勤は「労働義務を果たさなかった」とみなされるため、就業規則で欠勤の連絡方法や理由の提出を義務付けている企業も多いです。無断欠勤や連続欠勤が続く場合は、懲戒処分の対象となることもあるため、注意が必要です。

給与は支払われない
労働義務を果たしていない扱い
就業規則で連絡方法や理由提出が定められていることが多い

有給休暇は給与が発生する「労働したものとみなす」制度

有給休暇（年次有給休暇）は、労働基準法第39条に基づき、一定の条件を満たした労働者に与えられる権利です。有給休暇を取得した日は、実際に働いていなくても「労働したもの」とみなされ、給与が全額支給されます。この制度は、労働者の心身のリフレッシュや生活の安定を目的としており、会社は原則として有給休暇の取得を拒否できません。また、有給休暇の取得理由を会社が確認することはできず、従業員の希望に基づいて取得することができます。有給休暇の残日数がなくなった場合は、以降の休みは欠勤扱いとなります。

給与は全額支給される
労働したものとみなされる
会社は原則として取得を拒否できない

参照：年次有給休暇の付与日数は法律で決まっています（厚生労働省リーフレット）

会社の指示で欠勤扱いにすることはできない

有給休暇の取得は労働者の権利であり、会社が一方的に「欠勤扱い」にすることはできません。たとえば、従業員が体調不良などで休みたい場合、本人が有給休暇の取得を希望すれば、会社はこれを認める義務があります。会社の都合や業務上の理由で「今回は欠勤扱いにしてください」と指示することは、労働基準法違反となる可能性があります。ただし、従業員が「有給は使いたくないので欠勤で構いません」と申し出た場合は、会社と本人の合意のもとで欠勤扱いにすることが可能です。このような場合でも、記録や同意書を残しておくことがトラブル防止につながります。ただし、就業規則で定められた「事前申請ルール（例：前日までに届け出ること）」に従わない当日申請については、急病などのやむを得ない事情がない限り、会社は直ちに有給として扱う義務はありません。職場の規律を維持するため、会社は就業規則に沿った運用を原則としつつ、急病などの際は個別の事情を考慮して柔軟に判断することが望ましいといえます。

会社が一方的に欠勤扱いにすることは不可
本人の希望があれば有給休暇として取得可能
合意があれば欠勤扱いも可能だが記録が重要

欠勤と有給休暇の優先順位

欠勤と有給休暇のどちらを優先して適用するかは、基本的に従業員の意思が尊重されます。従業員が有給休暇の取得を希望すれば、会社はこれを認めなければなりません。一方、従業員が「有給を使いたくない」と申し出た場合は、欠勤扱いにすることも可能です。ただし、会社が一方的に欠勤扱いにすることは原則として認められていません。また、無断欠勤の場合は有給休暇への振替はできず、欠勤扱いとなります。この優先順位を明確にしておくことで、労使間のトラブルを未然に防ぐことができます。

ケース	優先される扱い
従業員が有給希望	有給休暇
従業員が欠勤希望	欠勤
無断欠勤	欠勤

従業員が希望すれば欠勤ではなく有給休暇として取得可能

従業員が体調不良や私用などで休む場合、本人が有給休暇の取得を希望すれば、会社はこれを認める義務があります。有給休暇は労働者の権利であり、会社側が「今回は欠勤にしてください」と一方的に決めることはできません。従業員が有給休暇を使いたいと申し出た場合は、原則としてその希望が優先されます。ただし、有給休暇の残日数がない場合は、欠勤扱いとなります。このように、従業員の意思が最優先されることを就業規則や社内ルールで明確にしておくことが重要です。

従業員の希望が最優先
有給休暇の残日数があれば取得可能
会社は原則として拒否できない

会社が一方的に欠勤扱いにすることは原則不可

会社が従業員の意思を無視して一方的に欠勤扱いにすることは、労働基準法に反する可能性があります。従業員が有給休暇の取得を希望しているにもかかわらず、会社の都合で欠勤扱いにすることはできません。このような対応は、労使トラブルや法的リスクを招く原因となります。従業員が「有給は使いたくない」と明確に意思表示した場合のみ、欠勤扱いが認められます。会社は従業員の意思を尊重し、適切な手続きを踏むことが求められます。

一方的な欠勤扱いは不可
従業員の意思表示が必要
法的リスクを回避するため記録を残す

無断欠勤の場合のみ有給休暇への振替はできない

無断欠勤とは、事前連絡や正当な理由なく出勤しなかった場合を指します。この場合、会社は有給休暇への振替を認める義務はありません。有給休暇は、原則として事前に申請し、会社の承認を得て取得するものです。無断欠勤があった場合は、欠勤扱いとなり、給与も支払われません。ただし、後日やむを得ない事情が判明した場合は、会社の裁量で有給休暇に振り替えることも可能ですが、義務ではありません。無断欠勤は原則として有給休暇に振り替えることはできません。無断欠勤は労働義務の不履行であり、会社に事後的な有給充当の義務はないためです。ただし、本人が事故に遭っていたなどのやむを得ない事情がある場合に限り、会社の裁量で例外的に有給への振替を認めるという運用が実務的です。

無断欠勤は有給休暇にできない
事前申請・連絡が原則
やむを得ない事情があれば会社の裁量で対応可能

当日欠勤と有給申請の扱い

当日になって急な体調不良や家庭の事情で休まざるを得ない場合、従業員は当日でも有給休暇の申請が可能です。法律上、事前申請が原則とされていますが、やむを得ない事情がある場合は当日申請も認められます。会社独自の「事前申請ルール」を設けている場合でも、法律に優先することはできません。ただし、事業の正常な運営を妨げる場合は、会社が別日への変更を依頼することも可能です。このようなケースでは、従業員と会社の間で柔軟に対応することが求められます。

申請タイミング	有給休暇の可否
事前申請	原則認められる
当日申請	やむを得ない場合は認められる

当日申請でも有給休暇は法律上認められる

労働基準法では、有給休暇の取得に関して「事前申請」が原則とされていますが、やむを得ない事情がある場合は当日申請も認められます。たとえば、急な体調不良や家族の緊急事態など、予測できない理由で休む場合は、当日でも有給休暇の取得が可能です。会社は、こうした事情を考慮し、柔軟に対応することが求められます。ただし、無断欠勤や理由のない当日申請は認められない場合があるため、必ず連絡と理由の説明を行いましょう。

やむを得ない事情があれば当日申請も可能
会社は柔軟な対応が求められる
無断欠勤は不可

会社独自の「事前申請ルール」は義務づけられない

多くの会社では、有給休暇の取得に関して「○日前までに申請すること」といった独自ルールを設けています。しかし、これらのルールは法律に優先するものではなく、やむを得ない事情がある場合は当日申請も認めなければなりません。会社が一方的に「事前申請でなければ有給休暇は認めない」とすることは、労働基準法違反となる可能性があります。従業員の権利を守るためにも、柔軟な運用が必要です。

会社独自の事前申請ルールは義務ではない
法律が優先される
やむを得ない場合は当日申請も認める必要がある

事業の正常な運営を妨げる場合のみ時季変更権を行使可能

有給休暇の取得希望日が事業の正常な運営を妨げる場合、会社は「時季変更権」を行使して、別日への変更を依頼することができます。ただし、この権利はあくまで例外的なものであり、単なる人手不足や繁忙期を理由に一方的に変更を強制することはできません。従業員の希望を最大限尊重しつつ、業務とのバランスを取ることが重要です。時季変更権を行使する場合は、具体的な理由や代替日を明示し、従業員と十分に話し合うことが求められます。

事業の正常な運営を妨げる場合のみ時季変更権を行使可能
一方的な変更は不可
従業員と十分な話し合いが必要

欠勤が多い場合の会社の対応

従業員の欠勤が頻繁に発生する場合、会社としては適切な対応が求められます。まずは欠勤理由の確認と記録を徹底し、状況に応じて改善指導や面談を実施することが重要です。また、欠勤が続く場合は勤務態度不良として段階的な対応を検討する必要があります。一方で、正当な理由がある場合や健康上の問題が背景にある場合は、個別の事情を考慮した柔軟な対応も求められます。会社は就業規則や労働法に基づき、適切な手順を踏んで対応することがトラブル防止につながります。

欠勤理由の確認と記録
改善指導や面談の実施
段階的な対応と柔軟な配慮

欠勤理由の確認と記録を残すことが重要

欠勤が発生した際は、必ずその理由を確認し、記録として残しておくことが大切です。これにより、後々のトラブルや誤解を防ぐことができます。また、欠勤が多い従業員に対しては、欠勤理由の傾向やパターンを把握することで、適切な対応策を検討しやすくなります。記録は人事担当者や上司が管理し、必要に応じて本人と面談を行いましょう。記録がない場合、懲戒処分や解雇などの判断が法的に認められにくくなるため、必ず証拠を残すことが重要です。

欠勤理由の確認を徹底
記録を残してトラブル防止
面談や指導の根拠となる

改善指導や面談で出勤状況の見直しを求める

欠勤が多い従業員には、まずは面談や指導を通じて出勤状況の改善を促しましょう。本人の事情や健康状態をヒアリングし、必要に応じて医療機関の受診や勤務形態の見直しを提案することも有効です。また、改善が見られない場合は、段階的に注意喚起や警告書の発行など、就業規則に基づいた対応を進めます。このプロセスを丁寧に行うことで、従業員のモチベーション低下や不当解雇といったリスクを回避できます。

面談や指導で状況を把握
健康状態や事情を考慮
段階的な対応が重要

勤務態度不良として扱う場合は段階的対応が必要

欠勤が繰り返され、事業の正常な運営を妨げる場合は、勤務態度不良として段階的な対応が必要です。いきなり懲戒処分や解雇とするのではなく、まずは注意・指導、次に警告書の発行、最終的に懲戒処分といった手順を踏みましょう。この際、すべての対応について記録を残し、本人にも説明を行うことが重要です。法的トラブルを防ぐためにも、就業規則や労働法に則った対応を徹底しましょう。

注意・指導から段階的に対応
記録と説明を徹底
就業規則・労働法に基づく対応

欠勤と給与計算の関係

欠勤や有給休暇は、給与計算に直接影響を与える重要な要素です。欠勤の場合は「ノーワーク・ノーペイ」の原則により、その分の給与が控除されます。一方、有給休暇を取得した場合は、休んだ日も通常通りの給与が支給されます。また、欠勤が多いと社会保険の標準報酬月額にも影響することがあるため、正確な勤怠管理と給与計算が不可欠です。この章では、欠勤控除の計算方法や有給休暇取得時の給与の扱い、社会保険への影響について詳しく解説します。

項目	欠勤	有給休暇
給与	控除あり	満額支給
社会保険	影響あり	影響なし

欠勤控除は月給社員でも発生する（欠勤控除額の計算）

月給制の社員であっても、欠勤した場合はその分の給与が控除されます。欠勤控除額は、1日あたりの賃金を算出し、欠勤日数分を差し引く方法が一般的です。たとえば、月給30万円・月所定労働日数20日の場合、1日あたりの賃金は1万5千円となり、2日欠勤すれば3万円が控除されます。この計算方法は就業規則や給与規程で明確に定めておくことが重要です。数式で表すと、以下のようになります。欠勤控除額＝（月給÷月所定労働日数）× 欠勤日数

月給社員でも欠勤控除あり
1日あたりの賃金で計算
就業規則で明確化が必要

有給休暇は満額支給されるため控除は発生しない

有給休暇を取得した場合、その日は「労働したもの」とみなされ、給与は満額支給されます。欠勤控除や減額は一切発生しません。このため、有給休暇の取得が給与や社会保険に悪影響を及ぼすことはありません。有給休暇の取得状況は、勤怠管理や給与計算システムで正確に管理することが大切です。

有給休暇取得日は満額支給
控除や減額はなし
勤怠管理の徹底が必要

欠勤が多い場合は社会保険の標準報酬月額へ影響することがある

欠勤が多くなり給与が大幅に減少した場合、社会保険の標準報酬月額の見直しが必要になることがあります。標準報酬月額は、実際の支給額に基づいて決定されるため、欠勤による給与減額が続くと、保険料や将来の年金額にも影響します。会社は、欠勤が多い従業員については、社会保険の手続きや説明を適切に行うことが求められます。

欠勤が多いと標準報酬月額が下がる
保険料や年金額に影響
会社は適切な手続きと説明が必要

欠勤・有給に関する就業規則で定めておくべき項目

欠勤や有給休暇の取り扱いについては、就業規則で明確に定めておくことが重要です。これにより、従業員と会社の間で認識のズレやトラブルを防ぐことができます。特に、欠勤連絡の方法や期限、有給休暇の申請手続き、無断欠勤や連続欠勤の扱い、懲戒の基準などは、具体的かつ分かりやすく記載することが求められます。また、就業規則の内容は定期的に見直し、法改正や実務の変化に対応することも大切です。従業員への周知徹底も忘れずに行いましょう。

欠勤連絡の方法・期限
有給休暇の申請方法・管理ルール
無断欠勤・連続欠勤の扱いと懲戒基準

欠勤連絡の方法と期限

欠勤が発生した場合の連絡方法や期限は、就業規則で明確に定めておく必要があります。たとえば、「始業時刻の○分前までに電話またはメールで連絡すること」など、具体的な手順を示すことで、従業員も迷わず対応できます。無断欠勤を防ぐためにも、連絡がない場合の対応や、緊急時の連絡先も記載しておくと安心です。これらのルールは、入社時や定期的な研修で周知徹底しましょう。

連絡方法（電話・メールなど）を明記
連絡期限を具体的に設定
緊急時の対応も記載

有給休暇の申請方法と管理ルール

有給休暇の申請方法や管理ルールも、就業規則で明確に定めておくことが重要です。申請書の提出方法や申請期限、承認フロー、管理簿の整備など、具体的な運用ルールを記載しましょう。また、やむを得ない事情による当日申請の取り扱いについても明記しておくと、従業員が安心して利用できます。有給休暇の取得状況は、管理簿で正確に把握し、従業員にも定期的に残日数を通知することが望ましいです。

申請方法・期限・承認フローを明記
管理簿の整備
当日申請の取り扱いも記載

無断欠勤・連続欠勤の扱いと懲戒の基準

無断欠勤や連続欠勤が発生した場合の対応や懲戒の基準も、就業規則で明確に定めておく必要があります。たとえば、「無断欠勤が○日以上続いた場合は懲戒処分の対象とする」など、具体的な基準を設けることで、公平な運用が可能となります。また、懲戒処分を行う際は、必ず本人への説明や弁明の機会を設け、記録を残すことが重要です。これにより、不当解雇や労使トラブルを防ぐことができます。

無断欠勤・連続欠勤の基準を明記
懲戒処分の手順を定める
本人への説明・記録の徹底

トラブルを防ぐための労務管理ポイント

欠勤や有給休暇の取り扱いでトラブルを防ぐためには、日頃からの労務管理が不可欠です。有給休暇の取得希望を尊重しつつ、業務調整を行うことや、欠勤と有給の違いを全社員に分かりやすく周知することが大切です。また、勤怠記録・給与計算・有給管理簿を正確に整備し、いつでも確認できる体制を整えましょう。これらのポイントを押さえることで、従業員の満足度向上と企業の法令遵守を両立できます。

有給取得希望を尊重し業務調整
欠勤と有給の違いを周知
勤怠・給与・有給管理の徹底

有給の取得希望を尊重しつつ業務調整を行う

従業員が有給休暇の取得を希望した場合は、できる限りその希望を尊重しましょう。ただし、事業の正常な運営を妨げる場合は、時季変更権を行使して別日への変更を依頼することも可能です。この際は、従業員と十分に話し合い、納得のいく調整を行うことが大切です。有給休暇の取得を理由に不利益な取り扱いをすることは、法律で禁止されています。

希望を尊重し調整
時季変更権の適切な行使
不利益取り扱いの禁止

欠勤と有給の区別を社員全体に分かりやすく周知する

欠勤と有給休暇の違いを全社員に分かりやすく説明し、周知徹底することがトラブル防止につながります。社内研修やマニュアル、イントラネットなどを活用し、具体的な事例やQ&Aを交えて説明しましょう。また、就業規則や社内ルールの改定時には、必ず全社員に内容を伝えることが重要です。

社内研修やマニュアルで周知
具体例やQ&Aの活用
ルール改定時の周知徹底

勤怠記録・給与計算・有給管理簿を正確に整備する

勤怠記録や給与計算、有給休暇の管理簿は、正確かつ最新の状態に保つことが重要です。これにより、従業員からの問い合わせやトラブル発生時にも迅速かつ適切に対応できます。システム化や定期的なチェックを行い、記録の漏れや誤りがないようにしましょう。また、従業員が自分の有給残日数や勤怠状況を確認できる仕組みを整えることも、信頼関係の構築につながります。

記録の正確性・最新性を維持
システム化や定期チェックの実施
従業員が確認できる仕組み作り

動画で解説

この記事を書いた人

岩本浩一社会保険労務士・採用定着士

岩本浩一（いわもとこういち）
社会保険労務士法人あいパートナーズ代表社員

採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属（登録番号：3806011）。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。

特に「企業型確定拠出年金（企業型DC）」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。

地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。

欠勤と有給休暇の正しい扱い方と企業が守るべき労務ルール