この記事は、freee人事労務を使って年末調整を行う実務担当者や総務・人事担当者を主な対象にしています。
導入前の準備から従業員への依頼方法、実際の計算・確定、提出書類の発行まで、freee上での具体的な手順と注意点を分かりやすく解説します。
電子化のメリットやよくあるミスとその対処法、社労士に依頼する場合の利点や当社の支援内容についても触れ、実務で役立つチェックリストや比較表を交えて説明します。
freee人事労務で年末調整はできる？
freee人事労務は年末調整に対応しており、従業員からの控除申告の回収、各種控除の入力・添付、税額計算、過不足の精算、各種帳票の発行まで一連のフローをクラウド上で完結できます。
中小企業から中堅企業まで、従業員数に応じた運用が可能で、人手による集計や紙の回収を減らしたい企業に適しています。
ここではまず機能の概要とできること、電子化の利点を整理します。
freee人事労務の年末調整機能とは
freee人事労務の年末調整機能は、従業員向けの申告フォーム作成、Web回収、証明書の添付、保険料等の外部データ取り込み、年調計算エンジンによる税額算出、過不足の給与反映、源泉徴収票の発行までを含む総合的なツールです。
クラウドでの一元管理により、複数名での確認や履歴確認が容易になり、操作ログや変更履歴が残るため内部統制の強化にも寄与します。
また、法改正に対するアップデートが自動反映されるため、毎年の改正対応負担が低減します。
年末調整でできること
年末調整の主な業務は、従業員からの扶養控除等申告書類の収集、保険料控除や住宅ローン控除等の確認、源泉徴収税額の再計算、過不足分の精算、源泉徴収票や給与支払報告書等の各種帳票発行と提出です。
freeeを使えばこれらをワークフロー化して管理でき、入力内容に基づいた自動計算や添付書類の電子化を通じて手作業を削減できます。
以下は従来の紙運用とfreeeによる電子運用の主な違いを示した比較表です。
| 比較項目 | 従来の紙・手作業 | freee人事労務（電子化） |
|---|---|---|
| 書類回収 | 紙で配布・回収・チェックが必要 | Web入力、添付で一元管理 |
| 計算 | 手計算・エクセル依存でミスの可能性 | 自動計算エンジンで精度向上 |
| 帳票発行 | 手作業での作成・配送 | PDFで発行・ダウンロード可能 |
電子化するメリット
電子化の主なメリットは、書類回収時間の短縮、入力ミスの低減、履歴や添付の一元管理、社内回覧の省力化、そして外的監査対応のしやすさにあります。
従業員の入力が直接システムに反映されるため、二重入力や転記ミスが減り、管理者は差異確認や承認作業に集中できます。
さらに、リモートワークや分散拠点がある企業でも統一したルールで年末調整を行える点は大きな利点です。
年末調整を始める前の準備
年末調整を始める前には、対象者の確定、給与データと扶養情報の整備、必要書類の準備、社内スケジュールの策定と周知を行うことが重要です。
事前準備が不十分だと回収遅延や計算誤差が発生しやすく、従業員の問い合わせ対応に時間を取られるため、計画的に進めることが重要です。
以下で具体的な確認ポイントと進め方を説明します。
対象従業員を確認する
年末調整の対象は原則として1年間に給与を支払った従業員ですが、年の中途入退社者や複数の給与支払者がいる従業員など例外もあります。
まずは社員マスターで在籍状況、雇用形態、扶養状況を確認し、年末調整対象者と源泉徴収票の発行が必要な者を洗い出してください。
freeeでは従業員ステータスに基づいて対象者を抽出できるため、漏れを防げます。
給与データ・扶養情報を確認する
給与データは月別支給額や通勤手当、賞与の支給状況などを含めて集計されている必要があり、扶養情報は扶養親族の氏名・続柄・生年月日・同居状況などが最新であることを確認する必要があります。
freee上のデータと実際の支給実績や提出書類を突合して不一致がないかチェックし、異動があった従業員は情報更新を行ってください。
保険料控除証明の到着有無や住宅ローン残高証明の確認も忘れず行います。
年末調整スケジュールを作成する
年末調整は従業員への申告依頼から回収、確認、最終計算、帳票発行まで複数の工程があるため、各工程の期限と担当者を明確にしたスケジュールを作成します。
従業員への案内日、入力期限、証明書提出期限、経理でのチェック期間、給与反映日、源泉徴収票の発行日を逆算して設定することが重要です。
freeeのワークフロー機能や通知機能を活用すると遅延防止に役立ちます。
freee人事労務の初期設定
年末調整をfreeeで行う前に、会社情報・税情報の登録、従業員マスターの整備、年末調整機能のオン設定など初期設定を正しく行う必要があります。
初期設定が誤っていると計算結果や帳票に反映される情報が間違うため、設定項目は経理と人事で相互確認を行ってください。
ここでは主要な初期設定項目と確認ポイントを説明します。
会社情報を確認する
会社情報には法人番号、事業所所在地、給与支払者の名称や所在地、税率や源泉徴収区分など税務に関わる基本情報が含まれます。
freeeに登録されている会社情報が最新でない場合、源泉徴収票や給与支払報告書の帳票に誤りが出るため、登記情報や税務署届出と突合して正確に設定してください。
税務上の特例や支払形態の特殊性がある場合は事前に確認が必要です。
従業員情報を最新にする
従業員の氏名、マイナンバー、住所、扶養情報、雇用形態、入退社日、給与形態などを最新に更新してください。
特にマイナンバーは源泉徴収票作成や法定調書の電子提出で必須項目となるため、収集・暗号化保管の手順を整備した上でfreeeに登録します。
従業員自身にWeb上で確認・更新してもらうと漏れを減らせます。
年末調整の設定を確認する
freee上で年末調整機能を有効にし、対象年度・計算対象の給与期間・住宅ローンの適用有無などの設定を行います。
また、従業員への通知テンプレートや提出方法（Web提出・紙提出）を決め、添付ファイルの許容形式やサイズ制限を確認してください。
年調計算の参照する保険料率や昨年分の繰越情報も確認しておくとスムーズです。
従業員へ年末調整を依頼する方法
従業員への依頼は早めの周知と分かりやすい案内文が鍵です。
freeeではWebフォームでの入力依頼を送信でき、リマインダー設定や進捗管理が可能なので回収率を高められます。
提出方法ごとの注意点や必要書類の一覧、提出期限を明確に伝え、FAQを用意して問い合わせを減らす工夫も有効です。
回答依頼を送信する
freeeの年末調整機能から対象従業員に対して回答依頼を送信できます。
依頼送信時には入力期限、添付書類の種類、問い合わせ先を明記し、初回案内とリマインダーを設定しておくと回収が滞りにくくなります。
また、操作方法の短いガイドや動画を併せて配布すると従業員の入力負担が軽減されます。
Webで情報を入力してもらう
従業員はマイページから扶養控除等申告書や保険料控除の情報を直接入力・添付し、必要に応じてマイナンバーを登録します。
入力フォームは必須項目の指定や入力チェックが入るため、記入漏れや形式エラーを事前に減らせます。
入力内容は管理者が確認できるため、差し戻しや修正依頼の運用もスムーズです。
必要書類を提出してもらう
保険料控除証明書や住宅ローン残高証明書など、原本が必要な書類はスキャンや写真の添付で一時的に受け取り、原本確認の運用ルールを定めておくと実務が円滑になります。
freeeには添付ファイル機能があり、ファイル名や提出日時が記録されるため書類管理が容易です。
原本保存の必要性や保存期限については社内規程に従い適切に対応してください。
従業員から提出された内容を確認する
提出された申告内容は管理者がチェックし、扶養の重複や保険料控除の妥当性、住宅ローン控除の適用可否などを確認します。
数値の突合や添付書類の有無、入力ミスのチェックリストを用意して効率的に精査することが重要です。
freee上で差し戻しやコメントができるため、従業員とのやり取りも一元化できます。
扶養控除等の内容を確認する
扶養控除の確認では、扶養親族の生計同一性、年齢要件、別居や別居特例の扱い、複数事業所での扶養申告の重複などをチェックします。
扶養該当性に疑義がある場合は、必要書類を添付してもらい、管理者が判定の根拠を残すことが重要です。
freeeの画面で扶養家族の情報が分かりやすく表示されるため、比較的短時間での確認が可能です。
保険料控除を確認する
生命保険料や地震保険料、社会保険料の控除は証明書の金額と従業員の入力金額が一致しているかを確認してください。
電子添付された証明書と入力額が合わない場合は従業員に差し戻し、修正を依頼します。
外部の口座情報や支払証明の取り込みが可能な場合は自動化で突合を行い、人的チェックの負担を減らせます。
住宅ローン控除を確認する
住宅ローン控除の適用には年末のローン残高証明が必要で、初年度とそれ以降で手続きが異なります。
制度適用の条件や特例がある場合は税務知識が必要なことがあるため、該当者をピックアップして詳細確認を行い、必要に応じて税理士や社労士に相談してください。
freeeでは住宅ローン控除用の入力項目と添付機能が用意されています。
freee人事労務で年末調整を実行する方法
確認が完了したらfreee上で年末調整計算を実行し、計算結果を確認、過不足税額を給与へ反映し、最終確定を行います。
実行前に必ずバックアップや設定内容の最終チェックを行い、試算で大きな差異がないかを確認すると安心です。
以下で計算実行から確定までの具体的な手順を説明します。
計算結果を確認する
年末調整の計算を実行すると、従業員ごとの再計算結果が表示されます。
計算結果は控除額や税額の内訳が確認できるようになっているため、特に大きな変動がある従業員は明細を精査してください。
不明点があれば個別に確認し、修正があれば再計算を行ってから次の工程へ進めます。
過不足税額を給与へ反映する
過不足税額は年末調整の結果に基づいて最終給与や年末支給分で精算します。
反映タイミングや支給方法（天引き、還付など）を事前に決め、給与担当と連携して正確に反映してください。
freeeは給与データとの連携が可能で、差額計算後の給与確定処理がスムーズに行えます。
年末調整を確定する
最終確認が終わったら、freee上で年末調整を確定し、変更不可の状態にします。
確定後は源泉徴収票や給与支払報告書の発行準備に進み、必要なデータをダウンロードまたは電子提出の手続きを行ってください。
確定前には必ず関係部署によるクロスチェックを実施しましょう。
年末調整後に行う手続き
年末調整確定後は、源泉徴収票の発行、給与支払報告書の作成と市区町村への提出、必要に応じて法定調書の作成・提出などの事後手続きを行います。
これらは税務や自治体への重要な提出物であり、期限遵守が求められます。
freeeを利用すると各帳票の作成や電子提出が効率化されますが、提出先ごとの要件は確認が必要です。
源泉徴収票を発行する
源泉徴収票は従業員ごとに発行し、従業員へ手渡しまたはPDFを配布します。
マイナンバーの取扱いや個人情報保護に配慮して安全に配布・保管を行ってください。
freeeでは源泉徴収票をPDFで出力でき、封入作業や郵送対応も効率化できます。
給与支払報告書を作成する
給与支払報告書は各従業員の給与情報を市区町村へ提出するための書類で、各自治体の提出方法（電子・紙）に従って提出します。
市区町村によっては電子提出要件や書式が異なるため、提出前に該当自治体の要件を確認してください。
freeeは多くの自治体向けにデータ出力や電子提出機能を備えています。
法定調書を提出する
報酬や不動産等の支払調書など、年末調整以外で提出が必要な法定調書がある場合は、内容を集計して所轄税務署へ提出します。
freeeでは法定調書の作成支援や電子提出用データの出力が可能なため、これらの業務もワンストップで対応できます。
提出期限や添付書類の要件を守って確実に提出してください。
年末調整でよくあるミスと対処法
年末調整でよくあるミスは扶養情報の漏れ、保険料控除証明書の未添付、給与データとの不一致などです。
ミスを未然に防ぐためのチェックリストと発生時の対応フローを用意し、従業員向けに分かりやすい案内を出しておくことが重要です。
ここでは代表的なミスと具体的な対処法を紹介します。
扶養情報の入力漏れ
扶養情報の入力漏れは税額計算に直接影響するため、従業員に対して入力必須項目の明示とリマインドを行ってください。
freee上で必須チェックを設定する、入力時に確認ダイアログを出すなどシステム側の工夫も有効です。
漏れを発見した場合は速やかに従業員に差し戻し、修正後に再計算を行います。
保険料控除証明書の添付漏れ
保険料控除証明書の未添付は控除適用の遅延や誤適用につながるため、提出期限前に到着確認リストを作り未提出者に通知してください。
電子添付が可能な場合は従業員にスキャンや写真でのアップロードを依頼し、原本確認ルールを明確にしておくと運用が楽になります。
未添付が判明した時点で暫定扱いの明示や後日提出手順を案内します。
給与データとの不一致
給与明細と年末調整用に集計された給与データが一致しない場合は、支給月別データや賞与の扱い、通勤手当の非課税扱いなどを見直し、原因を特定してください。
支払実績とシステム内データを突合し、修正後に再計算を行うことが重要です。
不一致が発生した際の担当者と対応フローを事前に決めておくと対応が早まります。
freee人事労務で年末調整を行うメリット
freeeを用いた年末調整は、業務効率化、計算精度向上、書類管理の一元化、監査対応の強化など多くのメリットがあります。
特に中小企業では人手不足や紙文化がボトルネックになりがちですが、freeeを導入することで業務量を大幅に削減できます。
以下に主要なメリットを項目別に示します。
書類回収を電子化できる
従業員の申告書類や控除証明書を電子的に回収・保管できるため、郵送や紙管理の手間が省けます。
電子化によって検索性が向上し、過去の申告書類や添付証明書の確認が瞬時に行えます。
また、紛失リスクの低減や保管スペース削減といった副次的な効果も見込めます。
計算ミスを減らせる
自動計算エンジンにより税額や控除額を自動で算出するため、人的ミスを大幅に削減できます。
ルール変更があってもシステム側で対応されれば人的な置き換え作業が不要になり、再計算の手間も減少します。
監査時に計算根拠を提示しやすくなる点も利点です。
年末調整業務を効率化できる
ワークフローやリマインダー、一覧画面での進捗管理により業務全体の見える化が進み、担当者の負担が軽減します。
freeeは給与システムや会計ソフトと連携できるため、後処理の手間も減り全社的な効率化が図れます。
定型化された運用により担当者の属人化も防げます。
社労士へ依頼するメリット
社労士（社会保険労務士）へ年末調整業務の一部または全部を依頼することで、設定や運用の最適化、税務的な判断のサポート、法改正対応などの専門的支援を得られます。
特に初めてfreeeを導入する場合や従業員数が多い企業、複雑な控除が多いケースでは専門家の関与が安心材料になります。
以下に主な依頼メリットを示します。
設定や運用をサポートしてもらえる
社労士はfreeeの初期設定や運用設計、従業員への案内文作成や回収フローの設計を支援できます。
設定ミスや運用上の落とし穴を未然に防ぎ、運用開始後の問題発生時にも迅速な対応助言を得られます。
外部の視点で内部統制や業務分掌の見直し提案を受けられる点も利点です。
労務・給与データとの整合性を確認できる
給与計算や社会保険手続きとの整合性を専門家にチェックしてもらうことで、税務や保険料の計算ミスを減らせます。
社労士は関連法令や実務に精通しているため、複雑な事例や例外処理の判断が必要な場合に有用です。
問題が発生した際の対応策や是正手順の助言も期待できます。
法改正にも適切に対応できる
税制や社会保険の改正があるたびに運用ルールを見直す必要がありますが、社労士に依頼しておけば改正対応を含む設定変更や従業員周知を円滑に行えます。
改正内容の解釈や適用範囲についての専門的判断も提供されるため、リスク管理の観点からも有効です。
社会保険労務士法人あいパートナーズができること
社会保険労務士法人あいパートナーズはfreee人事労務の導入支援から年末調整業務の代行、給与計算や労務管理のワンストップ支援まで提供します。
中小企業の実務負担を軽減し、内部統制とコンプライアンスの両立を目指すサービスを展開しています。
以下に当法人が提供できる主なサービスを紹介します。
freee人事労務の導入・初期設定支援
導入時には会社情報や従業員情報の登録、税務設定、ワークフロー設計、従業員向けの運用マニュアル作成など初期設定をサポートします。
導入後の操作研修やQ&Aの提供も可能で、利用開始から安定稼働まで伴走支援を行います。
導入をスムーズに進めるためのプロジェクト管理も請け負います。
年末調整業務のサポート
年末調整期間中の書類回収代行、入力チェック、計算実行、帳票作成までの一連業務を支援または代行します。
必要に応じて従業員対応の窓口を設けることで、社内の負担を大幅に軽減します。
法令解釈が必要なケースや異常値が出た場合の判断も迅速に対応します。
給与計算・労務管理をワンストップで支援
年末調整に関連する給与計算や社会保険手続き、就業規則の整備、労務相談などを一貫して支援します。
システム連携を含めた運用設計により、年次イベントや突発的な労務課題にも柔軟に対応可能です。
クライアントの業務負荷を低減し法令遵守を確保することを目指します。
まとめ｜freee人事労務で年末調整を効率化しよう
freee人事労務を活用することで年末調整業務は大幅に効率化され、入力ミスや書類紛失のリスクを減らせます。
ただし、運用開始前の初期設定と従業員への周知、適切なチェック体制構築が成功の鍵です。
必要に応じて社労士による導入支援や代行を活用し、自社に合った運用フローを確立してください。
事前準備と正しい設定がスムーズな年末調整につながる
年末調整は事前準備と設定の正確性が結果の精度に直結します。
従業員情報の整備、給与データの突合、提出期限の周知といった基本を押さえることで、freeeを最大限に活用できます。
当法人は導入から運用まで支援可能ですので、スムーズな年末調整を目指す企業はお気軽にご相談ください。
この記事を書いた人
- 社会保険労務士・採用定着士
- 岩本 浩一（いわもと こういち）
社会保険労務士法人あいパートナーズ 代表社員
採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属（登録番号：3806011）。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。
特に「企業型確定拠出年金（企業型DC）」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。
地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。
