freee人事労務で傷病手当金の申請はできる？手続きの流れを社労士が解説

この記事は、企業の人事・労務担当者や中小企業の経営者、freee人事労務の導入を検討している担当者を主な対象としています。
傷病手当金の概要と支給要件、freee人事労務で可能な管理項目や事前設定、申請の実務フローについて社労士の視点でわかりやすく解説します。
freeeでできることとできないことの違い、電子申請との関係、休職中の給与や社会保険の扱い、復職時の手続きなど、実務で押さえておくべきポイントを具体的に示します。
freeeを活用して申請業務をスムーズに進めたい方に有用な実務的アドバイスを提供します。

Table of Contents

freee人事労務で傷病手当金の申請はできる？

結論から言うと、freee人事労務は傷病手当金の申請書類作成や必要情報の管理、事業主証明の作成支援などの業務を効率化できますが、協会けんぽや健康保険組合への最終提出をシステム単独で完結する機能は限定的な場合があります。
freee上で準備できる情報と書類の雛形を活用し、申請の精度を上げることは可能です。
社労士や担当者が実際の申請窓口に提出する前提での活用が実務上の一般的な流れになります。

傷病手当金とは

傷病手当金は、業務外の病気やけがで仕事を休み給与の支払いがない、または一部支給にとどまる場合に、被保険者に対して健康保険から支給される公的給付です。
労務管理上は休職制度との整合性や給与規定の運用、就業規則の整備が重要になります。

支給額と支給期間

支給額は、支給開始日以前12か月の標準報酬月額の平均を30で割った額の3分の2に相当する額です。
満額が出るわけではないことは、休職に入る従業員に最初に伝えておくべき点で、生活設計の見込み違いを防げます。
なお在籍期間が12か月に満たない場合は、別の方法で計算されます。

支給期間は、支給を始めた日から通算して1年6か月です。
2022年1月の改正でこの通算方式に変わりました。それ以前は起算日から暦どおりに1年6か月を数えていたため、途中で復職した期間もその中に含まれていましたが、改正後は実際に支給を受けた日を通算します。
復職と再休職を繰り返すケースでは、この違いが受給できる総額を左右します。休職期間の上限を就業規則で何か月に定めるかを検討するときは、この1年6か月を1つの目安に置くと整合が取りやすくなります。

なお、被保険者であった期間の長さが効いてくるのは別の場面です。
退職後も引き続き傷病手当金を受け取る「資格喪失後の継続給付」には、資格を喪失した日の前日まで継続して1年以上の被保険者期間があることが必要になります。
在職中の支給期間とは別の話なので、混同しないよう注意してください。

freee人事労務でできること

freee人事労務は従業員情報の一元管理、雇用契約・就業規則の紐付け、休職・欠勤の記録、給与データの管理、社会保険情報の保存といった機能を備えています。
これにより傷病手当金申請に必要なデータを抜け漏れなく準備し、事業主証明の作成に使えるテンプレートや出力機能を活用できます。
さらに各種証明書の管理や履歴保存により、後続の照会や社内調整が効率化されます。

従業員基本情報の一元管理
休職・欠勤の履歴管理
給与・勤怠データの連携
社会保険情報の保存
事業主証明の雛形作成支援

電子申請に対応している手続きとの違い

freeeは多くの労務業務を効率化しますが、傷病手当金の提出先である協会けんぽや一部の健康保険組合が提供する電子申請ポータルとは別に動くことが多い点に注意が必要です。
電子申請に対応している手続きは自治体や組合、健康保険組合によって範囲が異なり、freee上で作成したデータを外部ポータルへ取り込むためのCSV出力やPDF出力は可能でも、完全なワンクリック連携ができないケースがあります。
実際の提出方法とfreeeでの準備工程を合わせて運用ルールを定めることが重要です。

比較項目	電子申請（協会けんぽ等）	freee人事労務での準備
提出方法	オンラインポータル経由で直接提出可能	申請書類の作成とPDF/CSV出力で準備可能
連携の容易さ	組合の対応状況に依存	標準化されたデータを提供するが直接送信は限定的
利点	即時受付・手続き進捗が当該窓口で管理	社内データの一元管理と証憑保管が容易
注意点	組合ごとに仕様差がある	提出は人手でのアップロードや郵送が必要な場合がある

※本表は2026年8月時点の情報です。
freeeの機能も各保険者の電子申請への対応状況も更新されるため、導入や運用の判断にあたっては、freeeの公式ヘルプと、加入している保険者の案内で最新の状況をご確認ください。

傷病手当金を申請する前に確認すること

申請前に確認すべき点は主に支給要件に該当するか、必要書類が揃っているか、そして休職制度や給与支払いルールとの整合性が取れているかの三点です。
これらは申請が却下されるリスクを回避するために重要で、社内担当者と医師、そして場合によっては社労士が事前に照会・確認を行うことでスムーズな支給につなげることが可能です。
freeeでの準備プロセスを明確にしておくことで担当者間の情報齟齬を防げます。

支給要件を確認する

傷病手当金の支給要件は4つです。
業務外の事由による病気やけがの療養であること、その療養のために労務不能であること、連続する3日間の待期を満たしたうえで4日目以降に休んでいること、そしてその期間について給与の支払いがないことです。

実務でもっとも間違えやすいのが待期の3日間です。
この3日間は連続している必要がありますが、公休日や有給休暇の日を含めても構いません（その日も労務不能であることが前提です）。
たとえば金曜から日曜まで休めば、土日を含めて待期が完成します。

4つ目の給与についても補足が必要です。
給与が支払われていても、その額が傷病手当金の額より少なければ、差額が支給されます。
給与が出ているから受けられない、と早合点しないよう注意してください。

必要書類を準備する

申請に必要な書類は、医師の証明（意見書や診断書）、事業主証明、申請書本体、被保険者番号を確認できる書類などです。
組合ごとにフォーマットが異なるため、事前に提出先の様式を確認しておくことが必要です。
freeeで従業員情報や休職情報を整備しておくと、事業主証明の作成がスムーズになります。
書類の不備は支給遅延の主因です。

医師の意見書または診断書
事業主証明（給与状況・就業状況の証明）
申請書（協会けんぽ等の様式）
被保険者番号や基礎情報の確認書類

休職制度との関係を確認する

休職制度と傷病手当金は別の制度ですが、実務上は密接に関係します。
就業規則に定めた休職期間中の給与取り扱いや在籍扱い、復職条件と、傷病手当金の給付期間や条件を整合させておかないと二重取り扱いや不整合が生じます。
freeeで休職ルールや給与規定を管理し、傷病手当金の支給タイミングと休職規程が矛盾しないように確認することが重要です。

freee人事労務の事前設定

freeeを活用して傷病手当金申請を進める場合、事前に従業員情報、社会保険情報、休職・欠勤の運用ルールを整備しておくことが肝要です。
これにより申請書類作成時の情報収集負荷が下がり、事業主証明の作成精度が上がります。
設定は初期段階で手間がかかりますが、その後の運用負担が大幅に軽減されるため、導入時にしっかり整備しておくことを推奨します。

従業員情報を確認する

従業員の氏名、被保険者番号、入社日、雇用形態、基本給や手当の構成などの登録が正確であることを確認してください。
特に被保険者番号や住所、連絡先は申請書類で使用するため誤りがあると提出先で差戻しとなるケースがあります。
freee上でマスター情報を定期的に更新し、履歴管理を行うことで情報の信頼性を確保できます。

社会保険情報を確認する

健康保険の加入状況、被保険者種別、保険組合の指定、被扶養者の情報などを確認します。
組合によっては提出様式や必要情報が異なるため、加入している保険者の要件を把握しておく必要があります。
freeeに保険者情報を登録しておくと、申請時に必要な保険者名や記号番号の出力が容易になり、ミスを減らすことができます。

休職・欠勤情報を管理する

休職開始日、欠勤日数、労務不能の日数、給与の支払い状況などを正確に記録しておくことが重要です。
これらの情報は傷病手当金の起算日や支給期間の判定に直結します。
freeeでは勤怠連携や手入力で休職・欠勤の履歴を保持できるため、申請時に必要な期間の証明として活用できます。
タイムリーな入力ルールを整備してください。

休職開始・終了日の記録
欠勤区分と日数の明細化
給与支払いの有無の記録
医師証明の添付管理

ここで1つ、必ず先に決めておくべきことがあります。
傷病手当金の申請に伴って集まる情報は、診断名や労務不能期間、通院状況など、個人情報保護法上の要配慮個人情報にあたります（同法2条3項）。要配慮個人情報は、取得すること自体に原則として本人の同意が必要です（同法20条2項）。

システムで一元管理すると検索や参照はしやすくなりますが、それは同時に、その情報に触れられる人の範囲が広がるということでもあります。
権限を決めないまま情報を集めると、本来その情報を知る必要のない担当者が、従業員の病名や通院状況を見られる状態になりかねません。

手順としては、情報を登録する前に「誰が見られるか」を決めます。
業務上その情報を知る必要がある担当者を特定し、その担当者だけが閲覧できるよう権限を設定し、本人にどの情報を誰と共有するかを説明したうえで登録を始めてください。
権限設定ができない運用であれば、システムに集約しないほうが安全です。

傷病手当金申請の流れ

申請の一般的な流れは、医師の意見書を取得→事業主証明を作成→申請書を提出→保険者が支給可否を判定→支給決定という順序です。
freeeでは医師情報や休職情報、給与データを用いて事業主証明の雛形を作成し、必要書類を整えたうえで提出作業を行います。
社内での承認フローや提出担当を定めておくとスムーズです。

医師の意見書を取得する

医師の意見書は傷病手当金の支給判定において最重要の書類です。
意見書には労務不能の期間や診断名、通院・入院の状況などが記載されます。
被保険者本人が受診している医療機関に依頼して正確な期間を明記してもらう必要があります。
freee上では医師証明の提出日や写しの保管場所を記録しておくことで、申請の際に迅速に取り出せます。

事業主証明を作成する

事業主証明は事業所が被保険者の給与支払状況や出勤状況を証明する書類であり、支給判定において重要です。
給与が支給されているか否か、休職中の給与取り扱い、欠勤の有無と日数を正確に記載します。
freeeのデータを利用して雛形を作成し、担当者の確認を経て押印や署名の準備を行います。
記載ミスや未記入があると差戻しの原因になります。

給与の支払状況（該当期間の明記）
休職・欠勤の日数と起算日
事業所の名称・代表者情報の記載
押印・署名の有無の確認

協会けんぽ・健康保険組合へ提出する

作成した医師の意見書と事業主証明、申請書を協会けんぽや加入する健康保険組合へ提出します。
提出方法は郵送、窓口、または電子申請（組合が対応している場合）があります。
提出後は保険者からの照会や追加書類の要求に対応できるよう、提出履歴と連絡先を管理しておくことが重要です。
支給決定までの期間は組合ごとに異なります。

休職中の給与・社会保険管理

休職中の給与支払いと社会保険料の取扱いは企業ごとの就業規則と健康保険の規定に基づきます。
休職中に給与が支払われるか、傷病手当金と給与の調整があるかを事前に明確にし、社会保険料の算出や源泉徴収の扱いを整理しておくことで給与計算のミスを防げます。
freeeを使って給与設定を整え、従業員に周知しておくことが重要です。

給与計算を設定する

休職期間中の給与の取り扱いを給与計算システムに設定しておく必要があります。
無給休職、欠勤控除、傷病手当金との控除調整などのルールをあらかじめマスターに登録しておくことで、月次処理時にミスが起きにくくなります。
freeeでは給与テンプレートや手当の設定を用いて休職対応のパターンを事前に作成しておくと便利です。

無給休職の控除設定
欠勤日数に応じた給与控除
傷病手当金との二重支給の確認
給与明細の注記管理

休職中も資格は継続し、保険料は発生し続ける

まず前提を正しく押さえておきます。
休職は労働契約が続いたまま労務提供の義務だけを免除する制度なので、休職を理由に健康保険・厚生年金保険の被保険者資格が変わることはありません。
資格の喪失は退職や死亡など、雇用関係そのものが終わる場合に生じるものです。

そして資格が続く以上、無給であっても保険料は労使とも発生し続けます。
保険料が免除される休業は産前産後休業と育児休業に限られており、傷病による休職には免除の仕組みがありません。
「休職中は保険料が免除されるのではないか」と考えて探しても、傷病休職には該当する制度がないということです。

標準報酬月額についても、無給の休職であれば原則として変わりません。
随時改定（月額変更届）は、固定的賃金の変動があり、3か月の平均で2等級以上の差が生じ、かつその3か月とも支払基礎日数が17日以上あるという3つをすべて満たしたときに行うものですが、無給の休職はこれに当たらないためです。
定時決定でも、4月から6月のすべての月で支払基礎日数が17日未満であれば、従前の標準報酬月額が引き継がれます。

なお、資格と保険料の発生は健康保険法と厚生年金保険法で定まっており、保険者の判断で変わるものではありません。
保険者ごとに違うのは、健康保険の保険料率（協会けんぽは都道府県ごと、健康保険組合は組合ごとに異なります）と、申請書の様式や提出方法のほうです。

保険料の本人負担分をどう徴収するか決めておく

休職実務でもっとも揉めやすいのが、社会保険料の本人負担分の徴収です。
保険料は発生し続けるのに、給与の支払いがないため通常の天引きができません。
この徴収方法を就業規則や休職通知書で定めていない会社は多く、休職が始まってから決めることになって紛争になるケースが目立ちます。

方法	内容	注意点
本人からの振込	毎月、会社が案内した額を従業員が振り込む	未払いが発生したときの取扱いを事前に決めておく必要がある
会社が立替え、復職後に控除	会社が一旦負担し、復職後の給与から分割控除する	賃金全額払いの原則があるため、控除には労使協定または本人の同意が必要。休職前に書面で合意しておく
賞与等からの一括精算	復職後の賞与でまとめて精算する	賞与が支給されない可能性を織り込んでおく

どの方法を採る場合も、休職開始時に金額・期日・振込先・未払いのときの取扱いを書面で本人に渡しておくことが、後の紛争をもっとも安く防ぎます。
とくに会社が立て替える方式では、そのまま復職せずに退職した場合の回収が実際に問題になるため、立替の上限や打ち切りの条件まで決めておくことをおすすめします。
なお被扶養者の認定は被扶養者自身の収入等で判断されるものであり、被保険者が休職したことを理由に見直されるわけではありません。

勤怠データを管理する

勤怠データは傷病手当金の起算日や支給期間判定に直接影響しますので、休職前後の出勤実績、欠勤届、通院日などの記録を正確に残すことが重要です。
freeeと勤怠管理ツールを連携して自動でデータを取り込む方法や、手動で記録する運用フローのどちらを採るかを決めておき、担当者がアクセスできる場所に保存してください。

休職前後の最終出勤日の記録
通院日や通院時間のメモ
欠勤申請の保存
勤怠データのバックアップ

復職時に必要な手続き

復職時には労務面、給与面、健康管理面で複数の手続きが必要です。
復職面談の実施、職場適応のための配慮事項確認、給与・勤怠設定の復帰処理、社会保険や雇用保険の資格復帰手続きが代表的な項目です。
復職は労使双方で安全かつ円滑に進める必要があり、事前に手順をマニュアル化しておくとスムーズです。

復職面談を実施する

復職前には医師の意見や本人の健康状態を確認するための復職面談を実施します。
面談では業務内容の確認、職場での配慮事項、業務負荷の調整、リハビリ出勤の可否などを話し合います。
面談記録は労務管理上重要な証憑となりますので、freeeの従業員ファイルに記録しておくことを推奨します。

給与・勤怠設定を変更する

復職に伴い給与支給の再開、勤怠区分の変更、出勤予定の登録などを行います。
復職時の試用的な勤務時間短縮や段階的勤務を導入する場合は、給与計算ルールも合わせて変更しておき、復職初月の給与計算で誤りが生じないようにチェックリストを用意してください。
freeeで設定変更を行ったら必ずプレビューや試算を行って確認します。

必要な社内手続きを行う

復職に際しては職場内の周知、配属先の調整、フォロー担当の割当、必要な教育の実施、健康状況のフォロー体制の整備など社内手続きを行います。
このとき職場に共有してよいのは、業務を円滑に進めるために最低限必要な事実情報だけです。
病名や治療内容といった要配慮個人情報を本人の同意なく共有することはできません。誰にどこまで伝えるかは、必ず事前に本人と決めてください。
記録はfreee上で保持して、再発防止や労務問題の予防に役立てます。

配属先や担当業務の決定
フォロー担当の割当
必要教育や安全確認の実施
共有する情報の範囲を本人と合意

傷病手当金申請でよくあるトラブル

よくあるトラブルには申請書の記載ミス、事業主証明の漏れ、支給要件を満たしていないケースなどが挙げられます。
これらは支給遅延や却下の主因となるため、事前のチェック体制やダブルチェックの仕組みを構築しておくことが大切です。
freeeでテンプレートとチェックリストを用意しておくとミスを減らせます。

申請書の記載ミス

申請書の氏名、生年月日、被保険者番号、期間の記載ミスは最も発生しやすいトラブルです。
日付の起算や記入様式の誤認識によるミスも多く、特に休職開始日や労務不能期間の書き方に注意が必要です。
提出前に担当者による確認、社内承認フロー、freee上の自動出力による検証を組み合わせてミスを防ぎましょう。

被保険者番号や氏名の誤記
期間や日付の誤り
必要欄の未記入

事業主証明の漏れ

事業主証明で給与や出勤状況の記載漏れ、代表者の署名・押印忘れがあると保険者から差戻しを受けます。
特に給与の支払状況や欠勤日数の明記は重要であり、freeeの給与データや勤怠データを突合して事実と整合させる作業を怠らないことが重要です。
事前にチェックリストを用意して担当者間で確認しましょう。

支給要件を満たしていない

待期の3日間が完成していない、業務上の傷病と判断される、そもそも労務不能とは言えないなど、支給要件を満たしていないケースがあります。
特に「業務外であること」の判断は注意が必要であり、事前に事実関係を整理して疑義がある場合は保険者に相談するか社労士へ依頼することをおすすめします。
なお給与が支払われている場合でも、その額が傷病手当金の額より少なければ差額が支給されますので、給与の有無だけで判断しないようにしてください。

社労士へ依頼するメリット

社労士に依頼することで申請書類の精度が高まり、提出先とのやり取りや追加照会への対応がスムーズになります。
専門家の判断により支給可否のリスクを事前に評価でき、休職・復職に関する社内ルールの整備や従業員対応まで一括して支援を受けられる点が大きなメリットです。
特に事例が複雑な場合は早めの相談が重要です。

傷病手当金申請を正確にサポートできる

社労士は支給要件の判定、書類作成のチェック、保険者との窓口対応を代行できます。
誤記や不備の予防、必要な証拠の整備、支給見込みのアドバイスなどにより申請の成功率を高められます。
freeeで準備したデータを社労士が最終確認することで効率的かつ確実な申請運用が実現します。

休職・復職手続きを一括して支援できる

社労士は労務規定の整備、休職規程の作成、復職プロセスの設計など、休職から復職までの一連の手続きを支援可能です。
組織内での対応フローを設計し、従業員の健康配慮と業務継続のバランスを取るための助言を行います。
これにより人事担当者の負担が軽減されます。

労務トラブルを未然に防げる

適切な手続きやルール整備により、休職中や復職後に起こり得る労務トラブルを予防できます。
社労士は法令と判例に基づくリスク評価を行い、就業規則や社内マニュアルの改定提案を行います。
外部専門家の視点を取り入れることで企業のコンプライアンス向上につながります。

社会保険労務士法人あいパートナーズができること

社会保険労務士法人あいパートナーズはfreee人事労務の導入支援から、傷病手当金申請に関する書類作成・提出支援、休職・復職の運用設計、日常の社会保険・労務管理のアウトソーシングまで幅広く対応します。
実務経験に基づいたノウハウを提供し、御社の負担を軽減しつつ法令順守を実現します。

freee人事労務の導入支援

導入支援では初期設定、従業員マスタの整備、給与・勤怠の連携設定、休職運用のテンプレート作成などを行います。
実務に即した運用フローを構築し、担当者向けの操作研修やマニュアル作成も対応可能です。
導入後の運用改善提案や定期チェックも行い、長期的な定着を支援します。

傷病手当金・休職手続きのサポート

傷病手当金申請に際しては、申請書類の作成代行、事業主証明のチェック、保険者対応の代理、追加書類の準備支援などを提供します。
また休職の取扱いに関する労務相談や就業規則の改定支援、復職プロセス設計も合わせて提供し、ワンストップでの支援が可能です。

社会保険・労務管理の運用支援

日常的な社会保険手続き、給与計算チェック、法改正対応、労務相談窓口の提供など、企業の労務運用を支援します。
必要に応じて顧問契約で継続的にバックアップし、freeeの運用最適化や定期レポートの提供を通じて安心して業務を任せられる体制を構築します。

まとめ｜freee人事労務を活用して傷病手当金の手続きをスムーズに進めよう

freee人事労務は傷病手当金申請の準備と社内データ管理に非常に有用なツールです。
書類作成やデータ出力、勤怠や給与の連携により事務作業を効率化できますが、提出先の電子申請対応状況や保険者固有の要件は別途確認が必要です。
申請の確実性を高めるためには社内ルールの整備と社労士等の専門家の併用が有効です。

適切な労務管理と専門家のサポートで休職・復職を円滑に進めよう

休職や傷病手当金の手続きは従業員の生活に直結する重要業務です。
とくに休職中の社会保険料の本人負担分をどう徴収するかは、就業規則に定めがないまま休職に入ると必ず問題になる箇所ですので、制度設計の段階で決めておいてください。
freeeを活用してデータ整備と運用ルールを整えつつ、必要に応じて社会保険労務士へ相談することで、手続きの確実性と迅速性を高められます。
組織としての対応力を高めるために、日頃からの準備と外部専門家の活用を検討してください。

この記事を書いた人

岩本浩一社会保険労務士・採用定着士

岩本浩一（いわもとこういち）
社会保険労務士法人あいパートナーズ代表社員

採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属（登録番号：3806011）。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。

特に「企業型確定拠出年金（企業型DC）」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。

地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。