freee人事労務で36協定を管理する方法時間外労働の上限規制にも対応

この記事は、freee人事労務を使って36協定（サブロク協定）を適切に管理したい人事担当者や経営者を対象にしています。
freee人事労務でできること、導入前に確認すべき事項、事前設定や日常の運用方法、時間外労働の上限規制への対応方法、トラブル回避策、そして社労士に依頼するメリットまでを分かりやすく整理して解説します。
クラウド勤怠と労務管理を連携させたい方や、法令遵守と業務効率化を両立させたい方に向けて実務的な手順と注意点を具体的に示します。

Table of Contents

freee人事労務で36協定は管理できる？

freee人事労務は36協定に関連する勤怠データの集計、残業時間の把握、アラート通知などを通じて36協定の運用を支援できます。
ただし36協定そのものの法的締結や行政への届出は社内手続きや労使協議が必要であり、システムは運用管理と記録保存を補助する役割になります。
本見出しではfreeeで可能な範囲と限界を整理し、実務で押さえるべきポイントを説明します。

36協定とは

36協定は労働基準法第36条に基づき、労使が協定を結ぶことで法定労働時間を超える時間外労働や休日労働を可能にするための契約です。
労働者代表との合意や書面化、所轄労働基準監督署への届出が必要であり、労働時間の上限や特別条項の有無などを明確に定める必要があります。
企業は36協定の内容に基づいて就業規則や勤務管理を整備する責任があります。

時間外労働の上限規制とは

時間外労働の上限規制は、働きすぎ防止のために法的に定められた月次・年次の上限や罰則規定を指します。
原則として月45時間・年360時間が基準とされ、臨時的な特別条項を適用する場合でも上限が設けられています。
また中小企業にも段階的に適用が広がっており、違反すると是正指導や罰則、社会的信用低下のリスクが生じます。

freee人事労務でできること

freee人事労務は勤怠データの取り込み、自動集計、残業時間の可視化、アラート設定、帳票化などを通じて36協定管理の運用負担を軽減します。
また従業員ごとの労働時間集計や月次・年次のレポート作成、CSV出力により監査や届出資料の作成が容易になります。
ただし法的解釈や届出の代行は行えないため、運用設計と法的チェックは人事または社労士が担う必要があります。

比較項目	freee人事労務	手動管理（紙・表計算）
勤怠データ集計	自動集計と履歴管理が可能	人手集計でミスが発生しやすい
アラート機能	条件に応じた通知が可能	事前警告が困難
帳票・証跡	履歴保存と出力が容易	保管・検索が煩雑

36協定を管理する前に確認すること

36協定をシステムで管理する前に、まず法的に有効な協定が締結・届出されているか、就業規則に労働時間や残業のルールが明確に記載されているか、そして管理対象となる従業員の範囲がどうなっているかを確認する必要があります。
これらが整っていないとシステムに設定しても運用ギャップが生じ、違反やトラブルの温床になります。
事前チェック項目を明確にし、担当責任者を決めておくことが重要です。

36協定を締結・届出する

36協定は労働者代表との協議・合意が必要であり、合意内容は書面化して所轄労働基準監督署へ届出を行う必要があります。
届出内容には時間外・休日労働の限度、特別条項の有無、適用期間などが含まれます。
freeeに入力する前に、届出済みの協定書の内容を正確に把握し、システムの運用ルールと照らし合わせて設定を行ってください。

就業規則・時間外労働のルールを確認する

就業規則には所定労働時間、休憩、休日、時間外労働の取り扱い、割増賃金や代休のルールなどを明記する必要があります。
システム側で残業集計やアラートを行う際には、就業規則の定めがそのまま運用ルールになりますので不一致がないか確認してください。
必要に応じて社内ルールの見直しや従業員への周知を行い、運用開始前に全員が理解している状態を作りましょう。

対象となる従業員を確認する

36協定の適用対象は正社員のみならず、契約社員やパートタイマー、管理監督者の範囲など、会社ごとに異なります。
freeeで社員データを正確にマスタ管理することで、集計対象や除外対象を明確にできます。
特に管理監督者の判定や裁量労働制の適用有無は誤認がトラブルにつながるため人事部門で事前に精査しておくことが重要です。

freee人事労務の事前設定

freee人事労務を効果的に利用するためには、会社情報、勤務体系、所定労働時間、残業ルールなどの初期設定を丁寧に行うことが重要です。
設定が曖昧だと誤った集計やアラートが発生し、従業員とのトラブルや法令違反を招く恐れがあります。
以下では具体的な設定項目と注意点を順に説明しますので、導入前に担当者と内容をすり合わせてください。

会社情報を設定する

会社情報として本社所在地、事業所ごとの労働基準監督署の管轄、タイムゾーンや会計基準に関する基本情報を登録します。
労働基準監督署への届出先が異なる場合は事業所単位で設定しておくと、届出書類の管理や証跡出力が容易になります。
また社内の承認フローや担当者連絡先を設定し、システム運用時の責務を明確にしておきましょう。

勤務体系・所定労働時間を設定する

フレックスタイム、変形労働時間制、通常の始業終業時刻など、企業が採用する勤務体系を正しく設定することが必要です。
所定労働時間や休憩時間、週所定労働日数を事業所や雇用形態ごとに分けて設定すると、従業員別の集計精度が上がります。
設定ミスは残業集計の誤差につながるため、雇用契約書や就業規則と照合しながら入力してください。

残業ルールを設定する

割増率の計算方法、割増対象となる時間帯、深夜・休日労働の取り扱い、上限管理の閾値などをシステムに反映させます。
36協定で定めた上限や特別条項に基づく上限値を設定することで、自動アラートや集計レポートが適切に機能します。
残業申請・承認フローや代休付与の運用ルールも併せて整備し、運用マニュアルにまとめておくと運用開始後の混乱を防げます。

時間外労働を管理する方法

時間外労働の管理は日々の打刻データの正確な収集と、それを基にした定期的な集計・分析によって成り立ちます。
freeeでは打刻連携や手入力の修正、月次集計、超過者の抽出が可能なため、運用ルールに応じた工程を定めることで法令遵守と早期対応が実現します。
ここでは具体的な手順と運用上の注意点を段階的に解説します。

打刻データを集計する

勤怠打刻は勤怠管理の根幹ですので、打刻漏れや二重打刻がないか日次でチェックする仕組みを作りましょう。
freeeは打刻データを自動で取り込んで日次・月次で集計できますが、例外的な勤務形態や外出業務での手入力対応ルールを明確にしておく必要があります。
集計後は承認フローを経て確定させ、給与計算や労働時間管理に反映させます。

時間外・休日・深夜労働を確認する

集計されたデータを基に時間外、休日、深夜労働の合計を従業員別・部署別に確認します。
特に上限に近い従業員は早期に抽出し、業務配分や勤務調整を行う仕組みが重要です。
freeeのフィルタやレポート機能を活用して、定期レポートや警告リストを作成し、管理者が迅速に対応できるようにしておきます。

残業時間を可視化する

残業時間をグラフや表で可視化すると長時間労働の傾向や部署間の偏りが明らかになります。
可視化は管理者が問題を把握するだけでなく、従業員本人へのフィードバックや面談資料としても有効です。
freeeのダッシュボードやレポート機能を定期的に活用し、数値に基づく改善活動を仕組み化しましょう。

時間外労働の上限規制へ対応する方法

時間外労働の上限規制に対応するには、日常の勤怠管理で基準を超えないように監視し、超過リスクが高い場合は業務配分や採用、外注などで対応する必要があります。
システムでは上限に基づくアラート設定や月次集計、特別条項の適用管理を行い、必要に応じて労使協議での運用見直しを行ってください。
次に具体的な管理方法を解説します。

月45時間・年360時間の原則を管理する

原則として月45時間、年360時間を超えないように集計基準を設け、月次や年次で監視します。
freeeで従業員ごとの月別・年別累計を自動算出し、上限に近づいた従業員を抽出して早めの対策を講じることが重要です。
また過去の勤務傾向を分析して繁忙期の対応策や人員計画に反映させることで、継続的な遵守が可能になります。

特別条項の上限を確認する

特別条項（いわゆる特別な事情により一時的に上限を超える場合の協定）を適用する場合は、適用条件や上限時間を協定書で明記しておく必要があります。
システム側でも特別条項適用期間や上限値を設定し、対象者や期間を正確に管理することで誤適用を防げます。
適用後は事後検証を行い、必要に応じてルールを見直すことが望ましいです。

長時間労働を早期に把握する

長時間労働者の早期発見は健康リスクと法令違反を防ぐために不可欠です。
freeeのアラート機能や定期レポートを用いて閾値を超えた従業員を管理者に通知し、面談や業務配分の見直しを実施してください。
また産業医や社労士と連携した健康管理フローを整備し、再発防止策を講じることが重要です。

36協定違反を防ぐポイント

36協定違反を防ぐためには、システム設定の正確性、日常的な監視体制、担当者の教育と運用マニュアルの整備が重要です。
freeeの機能を最大限に活用しつつ人の目によるチェックを併用することで不正確な集計や誤運用を減らせます。
この章では具体的な防止策を提示し、実務で使えるチェックリストを紹介します。

アラート機能を活用する

アラート機能は閾値を超えた時点で管理者に通知するため、即時対応が可能になります。
月次・週次の閾値を設定し、見逃しがないように複数の条件で通知を出す仕組みを設けると効果的です。
また通知の受信先を固定せず交代で確認する体制を整えることで、担当者不在時の見落としを防止できます。

管理者が定期的に確認する

システム任せにせず管理者が週次・月次で報告を確認するルーチンを作ることが重要です。
報告には未承認の打刻や残業申請の状況、上限に近い従業員のリストを含め、対応が必要な案件を明確化してください。
定期確認はコンプライアンス維持だけでなく、従業員の働き方改善にも寄与します。

勤務実績を分析・改善する

残業の発生原因を分析し、業務フローや人員配置の改善、業務の標準化やアウトソースなど具体的な対策を講じることが重要です。
freeeで部署別や業務別の残業傾向を抽出し、ボトルネックを特定して改善施策を実行してください。
施策の効果は定量的に評価し、PDCAを回して継続的に改善していきましょう。

36協定管理でよくあるトラブル

36協定管理でよく起きるトラブルには残業時間の集計ミス、上限超過、就業規則とシステム設定の不一致などがあります。
これらは事前の設定漏れや運用ルールの不徹底、担当者間の認識のズレが原因となることが多いです。
事例ごとの対処法と再発防止策を整理しておくと、問題発生時に迅速に対応できます。

残業時間の集計ミス

集計ミスは打刻漏れ、タイムゾーンや勤務体系の設定ミス、手入力の誤りなどが原因で発生します。
ミスを防ぐためには日次での打刻確認、承認フローの徹底、定期的なマスタチェックが有効です。
ミスが発覚した場合は速やかに訂正し、影響範囲を精査して過去データの再集計や従業員への説明を行ってください。

36協定の上限を超えてしまう

上限を超過した場合は速やかに原因を特定し、超過理由を労働者代表や関係部署と共有して再発防止策を講じる必要があります。
法令違反が疑われる場合は所轄労働基準監督署への相談や報告が求められることもあります。
平時から閾値管理と早期警戒の仕組みを整えておくことが重要です。

就業規則と設定内容が一致していない

就業規則とシステム設定が一致しないと、従業員への賃金支払いミスや法令違反につながる恐れがあります。
導入時に就業規則と設定値の突合を行い、改定時には必ずシステム設定を同期させる運用ルールを定めてください。
また変更履歴を残し、誰がいつ設定を変更したかを追跡できる体制を構築しましょう。

社労士へ依頼するメリット

社労士に依頼することで36協定の法的整備、就業規則の最適化、freeeの設定設計のアドバイスを受けられます。
専門家によるチェックは法改正対応やリスクの洗い出しに有効で、内部リソースが限られている企業にとって費用対効果が高い選択肢です。
以下に具体的なメリットを示します。

36協定とシステム設定を最適化できる

社労士は36協定の条項設計や適用範囲の助言を行い、それに応じたfreeeの設定設計を支援できます。
これにより就業規則とシステムの整合性が高まり、運用上の齟齬を未然に防ぐことができます。
また導入時の教育やマニュアル作成もサポートしてもらえるため定着が早まります。

法改正にも適切に対応できる

労働法令は改正が頻繁にあるため、社労士が最新の法令を踏まえて運用や設定の見直しを提案してくれます。
特に上限規制や裁量労働制の運用ルールなどは細かな解釈が必要な場合が多く、専門家の定期チェックでリスクを低減できます。
早めの対応で違反リスクと不必要なコストを避けることが可能になります。

労務リスクを未然に防げる

社労士は労働基準監督署対応や労務トラブルの予防策、過去事例に基づく実務的な対策を提供します。
トラブル発生時の対応支援や是正計画の策定も依頼でき、早期解決と再発防止に役立ちます。
内部での対応が難しい時や説明責任が求められる場面で大きな助けになります。

社会保険労務士法人あいパートナーズができること

社会保険労務士法人あいパートナーズはfreee人事労務の導入支援、36協定や就業規則の整備、勤怠管理・労務管理の運用サポートをワンストップで提供します。
法令対応だけでなく業務プロセス改善提案も行います。
以下で提供可能な具体的サービスを紹介します。

freee人事労務の導入支援

導入支援では会社情報や勤務体系の設定、残業ルールの設計、打刻連携のセットアップ、管理者向けの運用マニュアル作成と教育を提供します。
現行業務のヒアリングを行った上でfreeeの最適な設定を設計し、導入後の安定稼働を支援します。
また導入後の運用改善提案や定期レビューも行います。

36協定・就業規則の整備支援

36協定や就業規則の作成・改定支援を行い、法令に準拠した条項設計と運用ルールの明確化を支援します。
必要に応じて労働者代表との協議支援や届出書類の作成アドバイスも提供し、実務での運用に耐える形に整えます。
法改正があった場合の定期メンテナンスプランもご提案します。

勤怠管理・労務管理の運用サポート

日常の勤怠チェック、残業アラートの運用、月次報告の作成、労働時間集計の監査など実務支援を行います。
トラブル発生時は原因分析と再発防止策の立案を行い、必要な場合は所轄行政機関との折衝支援も提供します。
外部専門家として継続的に伴走し、内部業務の負担軽減を図ります。

まとめ｜freee人事労務で36協定を適切に管理しよう

freee人事労務は36協定の運用管理に有用なツールですが、法的手続きや就業規則整備、運用ルールの設計は人事や社労士の責任範囲になります。
システムと人の管理を組み合わせることで法令遵守と業務効率化を両立できるため、導入前の設計と導入後の運用体制をしっかり準備してください。
必要であれば社労士の支援を受けながら段階的に整備していくことをおすすめします。

時間外労働の見える化で法令遵守と業務効率化を実現しよう

時間外労働の見える化は単なる数値管理にとどまらず、働き方改革や健康管理、人材定着にもつながります。
freeeの機能を活用して早期警戒を設定し、労務データを基に業務改善を進めることで、法令遵守と生産性向上の両立が可能になります。
まずは現状把握と基本設定から始め、継続的な改善を行ってください。

この記事を書いた人

岩本浩一社会保険労務士・採用定着士

岩本浩一（いわもとこういち）
社会保険労務士法人あいパートナーズ代表社員

採用と定着に特化した人事労務のスペシャリスト。愛媛県社会保険労務士会所属（登録番号：3806011）。愛媛県松山市を拠点に、地元企業のみならず全国の企業の組織成長を支援している。「人手不足を解消し、持続可能な組織をつくる」ことをミッションに掲げ、理論と現場のリアリティを融合させたコンサルティングを展開。

特に「企業型確定拠出年金（企業型DC）」を活用した退職金制度の構築に定評がある。従業員の将来設計を支える福利厚生の整備と、経営側のコスト効率化を両立させる専門的なスキームにより、採用力の強化と離職率の低下を同時に実現。数多くの中小企業における組織課題を解決へ導いてきた。

地域経済への貢献にも注力しており、地元メディア『愛媛経済レポート』にて採用定着をテーマとした連載を長期にわたり担当。また、AI技術を活用した情報発信のパイオニアとしても活動しており、YouTubeチャンネル『あいパートナーズ AI労働解説』やPodcast『博識な猫タマとクロの資料解説』を通じて、労働法や人事トレンドの最新情報を、経営者や人事担当者に向けて分かりやすく解説している。